Mahasiswa IPB University Gunakan DNA Barcode untuk Mendeteksi Nematoda Puru Akar pada Bit
Sejumlah mahasiswa IPB University menggunakan DNA Barcode untuk mendeteksi keberadaan nematoda puru akar atau bintil akar pada tanaman bit. Mahasiswa tersebut adalah Ni Wayan Kartika Pratiwi, Fawwaz El Auly dan Rosyid Amrulloh, yang merupakan mahasiswa Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian.
Ni Wayan Kartika, Ketua Tim Program Kreativitas Mahasiswa (PKM), menilai keberadaan nematoda puru akar (NPA) pada tanaman bit penting untuk mendapat perhatian. Hal ini karena NPA yang menyerang tanaman bit dapat mengakibatkan munculnya puru atau bintil-bintil pada akar dan dapat menyebabkan malformasi umbi. Serangan NPA juga dapat menyebabkan tanaman menjadi kerdil dan layu sehingga pertumbuhannya terganggu.
“Nematoda puru akar yang menyerang tanaman bit berasal dari genus Meloidogyne. Saat ini keberadaannya baru dideteksi berdasarkan pola perineal atau sidik pantat, padahal teknik ini memerlukan ketelitian dan akurasi yang tinggi,” tuturnya.
Ia menjelaskan, deteksi NPA berdasarkan pola perineal perlu diklarifikasi menggunakan deteksi molekuler. Salah satu deteksi molekuler yang dapat digunakan adalah deteksi NPA berdasarkan sekuen DNA yang berasal dari cytochrom oxidase 1 (CO1).
Untuk mendeteksi NPA menggunakan DNA Barcode, lanjutnya, langkah pertama yang harus dilakukan adalah merancang primer mtCO1. Hasil perancangan primer ini digunakan untuk amplifikasi DNA nematoda yang didapatkan. Primer yang dirancang harus spesifik sehingga dapat mengetahui nama nematoda sampai tingkat spesies.
Langkah selanjutnya, dilakukan ekstraksi DNA nematoda. Ekstraksi DNA dimaksudkan untuk mendapatkan sekuen DNA nematoda. Selanjutnya, DNA nematoda diamplifikasi menggunakan primer mtCO1 yang telah dirancang sebelumnya.
Dengan dibimbing oleh Fitrianingrum Kurniawati, SP., M.Si, Ni Wayan Kartika dan teman-temannya berhasil merancang empat primer spesifik untuk NPA yaitu Meloidogyne hapla, M. arenaria, M. incognita, dan M. javanica. Dari empat primer tersebut, dua diantaranya berhasil mengamplifikasi DNA nematoda pada tanaman bit asal Cipanas, yaitu spesies Meloidogyne arenaria dan Meloidogyne incognita.
Fitrianingrum menjelaskan, teknik deteksi menggunakan DNA barcode ini merupakan teknik deteksi yang cepat, akurat dan sangat mudah untuk dilakukan siapa saja baik itu peneliti, mahasiswa, maupun petugas badan karantina tumbuhan.
“Nematoda Meloidogyne hanya sebagai contoh model dalam penelitian ini, sehingga nematoda-nematoda parasit yang lain pun dapat juga diidentifikasi menggunakan DNA Barcode ini,” pungkasnya. (Rosyid/Zul)
